Ngày 16 tháng 11 năm 1807, tức ngày 17 tháng 1 năm Gia Khánh thứ 12, Trịnh Nhất đã đem quân tấn công quân nhà Nguyễn với mưu toan khôi phục nhà Tây Sơn và tử trận tại vùng duyên hải Việt Nam. Khi đó ông 42 tuổi. Có thuyết cho rằng do thuyền đắm mà chết, có thuyết lại cho rằng Trịnh Nhất bị đại pháo của quan quân Nhà Nguyễn bắn hạ.[2]

Sau khi Trịnh Nhất chết, góa phụ của Trịnh Nhất là Trịnh Nhất Tẩu thâu tóm mọi quyền lực về tay mình và trao chức thống lĩnh Hồng Kỳ bang cho đầu lĩnh Trương Bảo Tử. Đế chế Hồng Kỳ bang tiếp tục phát triển dưới thời của Trịnh Nhất tẩu cho đến khi bà chịu quy phục Nhà Thanh vào năm 1810.